Memasuki abad ke-18 masa kebesaran Pesantren Giri nampaknya mulai surut. Berbagai faktor gejolak politik cukup banyak mempengaruhi keberadaan Pesantren Giri. Seiring dengan meredupnya kejayaan Pesantren Giri kemudian tidak lama berselang di bagian utara Gresik muncullah sebuah lembaga pesantren baru yang dirintis oleh Kyai Qomaruddin. Kyai Qomaruddin mendirikan lembaga pondok pesantren di Sampurnan Bungah. Pada awalnya lembaga pesantren yang didirikan oleh beliau tersebut diberi diberikan nama “Pesantren Sampurnan”, namun seiring dengan perkembangan zaman dari generasi ke generasi nama pesantren tersebut dirubah menjadi “Pesantren Qomaruddin”.